Klasztor Cystersów w Koprzywnicy powstał jeszcze w XII w., W historiografii dość powszechnie przyjęto rok 1185 jako datę jego fundacji, kiedy do niewielkiej wsi nad rzeczką Koprzywnianką przybyła pierwsza grupa mnichów.

Jan Długosz uważał, że klasztor założył Kazimierz Sprawiedliwy, choć poza ogólnie sformułowanym immunitetem żadnych nadań księcia nie potrafił wymienić. Sugeruje się też udział biskupa krakowskiego Gedki w sprowadzeniu konwentu i tworzeniu opactwa. Zarówno biskup, jak i książę Kazimierz współpracowali ze sobą, a wcześniej byli fundatorami wspólnot cysterskich w Wąchocku i Sulejowie. Ostatecznie okazało się, że to Komes Mikołaj z rodu Bogoriów okazał się fundatorem klasztoru koprzywnickiego. Wydzielił on ze swych posiadłości spory kompleks dóbr i przekazał go na uposażenie nowej placówce klasztornej. Szedł tutaj zapewne śladami książąt z dynastii piastowskiej (głównie Kazimierza Sprawiedliwego), od których czerpał wzorce. Potrzebował jednak wsparcia ze strony autorytetu władzy książęcej zarówno w staraniach o konwent, jak i doposażenie fundacji. Będąc najpewniej bliskim współpracownikiem księcia Kazimierza od niego otrzymał wsparcie, a do akcji włączyli się zapewne inni zaufani księcia, kolejni biskupi krakowscy Gedko i Pełka. Mikołaj nadał więc klasztorowi samą Koprzywnicę oraz dodatkowo jedenaście wsi. Całość skupiona była w dwóch kompleksach osadniczych: w okolicach Koprzywnicy i nad Wisłoką i Wisłokiem (na południe od siedziby klasztoru. Poza tymi dwoma kompleksami w nadaniu znajdował się też położony pod Krakowem Łęg.

Tak zakrojone nadania zostały zapewne wzmocnione, tuż po fundacji lub jeszcze w 1185 r., przez Kazimierza Sprawiedliwego zwolnieniem immunitetowym. Dodatkowo biskup krakowski Pełka nadał klasztorowi dziesięciny z 8 wsi, co nastąpiło po 1186 r., a chyba jeszcze przed śmiercią księcia Kazimierza (1194r.).

Motywów założenia klasztoru w Koprzywnicy należy dopatrywać się w chęci zbudowaniu prestiżu przez polski ród możnowładczy podejmujący trud założenia i uposażenia nowej placówki klasztornej wzorem dynastii panującej oraz w czynnikach natury religijnej.

Uposażone pod koniec XII w. opactwo musiało rozwijać się pomyślnie, skoro w 1 ćw. XIII w. podjęto wysiłek budowy okazałej świątyni, a krótko potem kompleksu klasztornego.

Mnisi wspierani byli w tym czasie zarówno przez ród Bogoriów, jak również księcia Leszka Białego i jego następcę oraz Pakosława Lasocica, Pawła z Samborca. Przed poł. XIII w. weszli też cystersi koprzywniccy w posiadanie kompleksu dóbr z centralnym ośrodkiem w Bardijowie (na obszarze królestwa Węgier).

Spore szkody opactwu poczyniły najazdy tatarskie w roku 1241, a w1259 spalono nawet klasztor.

W wyniku tych spustoszeń książę Bolesław Wstydliwy wystawił klasztorowi szereg przywilejów. W roku 1250 określił on Koprzywnicę jako targ na prawie niemieckim, choć należy przypuszczać, iż było to tylko odnowienie i rozszerzenie wcześniejszych przywilejów. W 1279 r. legat papieski Filip zatwierdził klasztorowi dziesięciny z dwudziestu pięciu wsi.

W drugą poł. XIII w. opactwo koprzywnickie weszło okrzepnięte ekonomicznie. Cieszyło się opieką książąt piastowskich: Kazimierza Sprawiedliwego, Leszka Białego, Bolesława Wstydliwego i Leszka Czarnego. Opaci z Koprzywnicy wielokrotnie uczestniczyli w wizytacjach innych polskich opactw cysterskich (w 1225r. wizytacja nowo założonego klasztoru w Henrykowie, 1235r. - podobna misja w przypadku zakładania klasztoru w Ludźmierzu, wcześniej wizytacja spiskiej filii klasztoru wąchockiego, w 1253 i 1254 wizytacje w związku z fundacją klasztoru w Byszewie, w latach 1284-1285 - wizytacja w związku z kryzysem opactwa w Sulejowie), wypełniając zalecenia kapituły generalnej, z którą utrzymywali systematyczne kontakty.

Ostatni Piastowie na tronie polskim, Władysław Łokietek i Kazimierz Wielki, nie odznaczali się już taką hojnością i przywiązaniem do klasztoru jak ich XIII-wieczni przodkowie. Władysław Łokietek w 1308 r. wystawił dla cysterskich klasztorów małopolskich (w tym Koprzywnicy) dokument, w którym zezwalał na lokacje wsi na prawie niemieckim. Kazimierz Wielki poczynił pewne zwolnienia na rzecz klasztoru w 1346 r., a w 1360 r. wydał przywilej potwierdzający wcześniejsze zwolnienia Bolesława Wstydliwego i Władysława Łokietka, a także nadanie sześciu wsi oraz zezwolenie na lokacje na surowym korzeniu. Dokument ten był przełomem w dziejach opactwa, od tego momentu mnisi przystąpili do odbudowy i porządkowania swych licznych posiadłości. Sam król wielokrotnie przebywał w murach klasztornych (w 1399, 1405, 1406, 1408, 1417, 1420, 1428, 1430 i 1433) oraz wystawił opactwu szereg dokumentów.

Wydaje się, że działania zmierzające do uporządkowania i wzmocnienia podstaw gospodarczych klasztoru z pocz. 2 poł. XIV w. dość szybko przyniosły pożądane efekty. Wzmocniony klasztor zaczął nabywać nieruchomości w miasteczkach oraz nowe dobra ziemskie.

Cechą charakterystyczną gospodarki klasztornej w XIV w. i później było pozbywanie się zniszczonych i częściowo wyludnionych osad i zamienianie ich na części dobrze prosperujących wsi.

W XIV w. klasztor wpisał na swe konto szereg sukcesów gospodarczych oraz poprawę pod koniec stulecia stosunków z panującym (zwłaszcza Władysławem Jagiełłą), ale osłabił żywe w XIII w. kontakty z kapitułą generalną. W 1329 r. mnisi koprzywniccy uzyskali od papieża ogólnie sformułowaną bullę protekcyjną, uzupełniając zapewne jej brak z poprzedniego stulecia. Pewne ożywienie w stosunkach z kapitułą generalną nastąpiło w pocz. XV w. W 1413 r. kapituła zaleciła opatowi koprzywnickiemu wizytację klasztorów polskich, ale później postępował proces uniezależniania się poszczególnych placówek cysterskich od jej zarządzeń i wpływów.

W wiekach XV i XVI obserwujemy stabilizację klasztoru na gruncie zmian wprowadzonych w gospodarce klasztornej po 1360 r. Na skutek reformy przeprowadzonej przez Edmunda a Cruce i wprowadzenia prowincji polskiej, Koprzywnicy wyznaczono w 1580 r. liczbę dwudziestu zakonników, którzy powinni zamieszkiwać klasztor. W tym czasie opactwo kontynuowało dotychczasową linię rozwoju gospodarczego, opierając swą siłę na dobrach ziemskich, tworzonych folwarkach, centrum handlu lokalnego, jakim był ośrodek miejski w Koprzywnicy, oraz na dochodach z dziesięcin, młynów i przywilejów monarszych. W następnych stuleciach liczba zakonników utrzymywała się na poziomie wyznaczonym w 1580 r. Tuż przed kasatą, czyli w 1808 i 1818 r. przebywało tam dziewiętnastu cystersów, a w 1823 r. (już po kasacie) tylko jeden.

 Pod opieką klasztoru znajdowały się też kościoły parafialne, a w 1772 r. odnotowano trzy takie placówki: w Koprzywnicy, Radlinie i Zakrzówku.

Klasztor posiadał też dość bogato wyposażoną, głównie w dzieła teologiczne i liturgiczne, bibliotekę, która w momencie kasaty liczyła 2572 książki.

W kwietniu 1819 r. decyzją władz carskich, którą wcielił w życie rząd Królestwa Polskiego, klasztor skasowano.

Zabudowania klasztorne przeznaczono dla parafii koprzywnickiej i oddano w zarząd diecezjalny, choć cystersi pozostali tutaj do śmierci ostatniego z nich. Kościół i zabudowania klasztorne do dzisiaj są użytkowane przez miejscową parafię.

Kościół i budynki klasztorne uległy uszkodzeniu podczas działań pierwszej wojny światowej w 1915 r., a w latach 1929-1930 prowadzono tu prace konserwatorskie. Ponownemu uszkodzeniu uległ kościół -w 1939 r. i w latach 1948-1949 ponownie przeprowadzono prace konserwatorskie.